برخی شخصیتها و جریانات، در پی آن بودند تا برای حضرت امام‌خمینی، قائم مقام تعیین کنند تا در صورت بروز هر اتفاقی، نظام بدون رهبر نماند. این جریانات (آیت‌الله) منتظری را انتخاب کردند، لیکن امام خمینی نسبت به این مسأله سکوت اختیار نمودند و در سال 1367 و 1368 بود که درایت حضرت امام مشخص شد و منتظری با حمایت از منافقین و سید مهدی هاشمی که به جریانات خود اعتراف کرده بود، از سوی حضرت امام کنار گذارده شد. جریان انتخاب وی به قائم مقامی و عملکرد ایشان در این مدت و نیز چگونگی عزل نامبرده از قائم مقامی و علل مخالفت امام با این امر، در جلد ششم مجموعه تاریخ انقلاب اسلامی، بررسی شده است.